حدد قانون الزراعة العضوية رقم 12 لسنة 2020 اختصاصات الهيئة العامة للزراعة العضوية والإدارة العامة للزراعة العضوية، باعتبارهما الجهتين المسؤولتين عن الرقابة والإشراف على الوحدات التي تطبق معايير الإنتاج العضوي في مصر. تختص الهيئة بالإنتاج الغذائي العضوي في مرحلة ما بعد الحصاد، بينما تتولى الإدارة الإشراف على الإنتاج العضوي الأولي حتى الحصاد.
يشمل دور الجهتين وضع معايير ومواصفات المدخلات والمنتجات العضوية أو الحيوية، وتحديد ضوابط وإجراءات الفحص والتحليل لضمان صلاحيتها، بالإضافة إلى وضع علامات الجودة عليها. كما يتم تقديم الدعم الفني والإرشادي في مجالات الزراعة العضوية، وتحديد شروط الملصقات والشعارات الخاصة بالمنتجات، ووضع شروط استيراد وتصدير المدخلات والمنتجات العضوية.
يلزم القانون جهات المطابقة والمنتجين والمتداولين للمنتجات العضوية بالالتزام بالتعليمات الصادرة عن الهيئة والإدارة. كما تطبق أحكامه على كل من يقوم بعمليات الإنتاج أو التصنيع أو التجهيز أو التداول أو الاستيراد أو التصدير للمدخلات والمنتجات العضوية أو الحيوية، بما يشمل وحدات الإنتاج العضوي المسجلة وجهات المطابقة المرخص لها.
يعرف القانون المنتجات العضوية أو الحيوية بأنها المواد التي يتم إنتاجها وتجهيزها وفق معايير الإنتاج العضوي بشقيه النباتي والحيواني، بينما تعرف وحدات الإنتاج العضوي بأنها أي مزرعة أو مشروع إنتاجي لتعليب أو تغليف أو تجهيز المدخلات والمنتجات العضوية.